內部審核不同于外部審核，組織應按策劃的時間間隔進行內部審核，時間間隔的策劃應根據組織質量管理體系的實際進行考慮，并能適應組織質量管理體系有效運行的需要，如法規的要求、組織管理的要求、顧客和相關方的要求，并應考慮組織產品和服務形成及提供的實際情況。其審核程序應由組織按照審核的基本要求和自身特點制定。內審流程應簡明可行，嚴格完整，閉環運轉。審核步驟通常如下：

一、審核策劃

按照內審程序規定，制定年度審核計劃，管理者授權成立審核組，由審核組長制定專項審核活動計劃，準備審核工作文件，通知審核。工作文件的準備主要是指審核所依據的標準和文件、現場審核記錄、不合格報告等。標準和文件必須是有效版本，必須已在現場實施。它們主要有：

a） ISO 9001標準；

b）質量手冊、程序文件、質量計劃和記錄；

c）合同要求；

d）社會要求（有關法律。法規和衛生、生態要求）；

e）有關質量標準（包括產品、設備材料環境、方法、人員等產品、資源性標準）。

檢查表是審核員需準備的重要文件，應精心策劃。

通知審核是審核組向受審方通知具體的審核日期、安排和要求，必要時受審核方應準備基本情況的介紹。

二、審核實施

以首次會議開始現場審核。審核員運用各種審核方法和技巧，收集審核證據，得出審核發現，進行分析判斷，開具不合格項報告，并以末次會議結束現場審核。審核組長應實施審核的全過程控制。

三、審核報告

現場審核結束后，應提交審核報告。工作內容包括：審核報告的編制、批準、分發、歸檔、考核獎懲，糾正、預防和改進措施的提出，確認和分層分步實施的要求。

四、跟蹤審核

應加強對審核后的區域、過程的實施及糾正情況進行跟蹤，并在緊接著的下一次審核時，對措施的實施情況及效果進行復查評價，寫入報告，實現審核閉環管理，以推動連續的質量改進。在任何組織中，從審核得到的真正益處最終均來自“自身”的審核。